3. Dans un premier temps, le Conseil d’Etat rappelle la jurisprudence de la CJUE rendue en matière de régularisation d’une taxe indûment facturée. Cette jurisprudence (reprise par le Conseil d’Etat : CE 16-5-2011 n° 330153, Crédit coopératif) distingue selon que le risque de perte de recettes fiscales a été complètement éliminé ou non :

– lorsque le risque de perte de recettes fiscales n’a pas été complètement éliminé , la récupération de la TVA par l’émetteur de la facture peut être subordonnée par les Etats membres à une condition de bonne foi de l’émetteur (CJUE 19-9-2000 aff. 454/98 ; CE 14-4-2008 n° 297059). En outre, dans cette hypothèse, un Etat membre peut subordonner la correction de la TVA, due dans cet Etat membre du seul fait qu’elle est mentionnée à tort sur la facture, à la condition que l’assujetti ait envoyé au destinataire une facture rectifiée ne mentionnant pas ladite taxe (CJUE 18-6-2009 aff. 566/07 ; CE 16-5-2011 n° 330153 précité) ;

– en revanche, lorsque ce risque a été complètement éliminé (par exemple, l’émetteur de la facture a empêché son destinataire de déduire la taxe ou a permis à l’administration d’annuler la déduction) ou lorsqu’il est inexistant (facturation d’une taxe pour une opération se situant en dehors du champ d’application de la TVA), la taxe indûment facturée doit pouvoir être récupérée sans condition de bonne foi et selon une procédure nationale ne conférant pas à l’administration un pouvoir discrétionnaire. En outre, dans une telle hypothèse, il ne peut être exigé que le fournisseur émette une facture rectificative. La Cour de justice a en effet jugé, qu’en cas de facturation par erreur de la TVA sur une prestation exonérée, si l’administration a définitivement refusé au client la déduction de la taxe qui lui a été facturée à tort, l’administration ne peut pas refuser au fournisseur le remboursement de la TVA facturée par erreur au seul motif qu’il n’a pas émis de facture rectificative (CJUE 11-4-2013 aff. 183/12, Rusedespred OOD).